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Événement marquant dans le combat du bien contre le mal, l'Ordre 66 a été utilisée en 19 av. BY marquant la fin de la guerre des Clones et la destruction de l'Ordre Jedi.
L'Ordre 66 est à l'origine d'une grande conspiration impliquant le Seigneur Noir Dark Sidious, son apprentie Dark Tyranus et les scientifiques Kaminoens.
Environ dix ans avant la guerre des clones, Dark Sidious envoya son apprentie, Dark Tyranus pour tué le maître Sifo-Dyas, seul Jedi au courant de la création de la Grande Armée des clones afin de garder cette création secrète et de pouvoir corrompre les Kaminoens en charge de la construction.
Également nommé Protocole Clone 66, il est implanté via une bio-puce dans chaque soldat clone au cours de leur création afin d'assurer une obéissance totale au moment de son déclenchement.
En l'an 19 av. BY alors que Dark Tyranus a été tué et que la République Galactique progresse de plus en plus, Dark Sidious parviens à corrompre le jeune Anakin Skywalker et en fait son nouvel apprenti en révélant son identité et en débranchant l'Ordre 66.
Cet événement fut exécuté simultanément dans toute la galaxie par l'activation de la puce ordonnant à tous les soldats clones de se retourner contre leurs commandants afin d'exterminer tous les Jedi.
Au même moment, Anakin Skywalker, accompagné par la 501ème Légion d'infanterie de soldats clones, pris d'assaut le Temple Jedi sur Coruscant afin d'exécuter d'éliminer tous les Jedi et les Padawan s'y trouvant.
Connu sou le nom de Purge Jedi ou Grande Purge Jedi, cette extermination à la fin de l'Ordre Jedi malgré la survie de certains qui dure vivre dans la clandestinité.
En l'an 20 av. BY, l'Ordre 66 a bien fallit être découvert lorsque la puce du soldat CT-5385 aussi connu sous le nom de Tup, rencontrat une défaillance au cours de la bataille d'Umbara qui déclencha l'exécution prématurée de l'ordre, que se conclu par l'execution de la Jedi Tiplar.
Ramené sur Kamino pour découvrir ce qui avait pu le pousser à commettre cet acte, la bio-puce fut découverte et aurait pu mettre au plan de Dark Sidious. Malheureusement, conspiration été trop importante et tout ce qui l'on découverte furent tué tandis que la présence de la bio-puce fut justifié comme étant une puce inhibitrice permettant de rendre les clones moins agressifs que leur modèle génétique, Jango Fett.
